網(wǎng)上有很多關(guān)于連接pos機的軟件,VaspCZ軟件詳細介紹的知識，也有很多人為大家解答關(guān)于連接pos機的軟件的問題，今天pos機之家(m.dsth100338.com)為大家整理了關(guān)于這方面的知識，讓我們一起來看下吧!
本文目錄一覽：
連接pos機的軟件
一、VaspCZ軟件簡介
VaspCZ(Vasp Check by Zzd)是中科院上海應(yīng)物所的張正德博士在讀博期間為提高科研效率而開發(fā)的Vasp輔助程序。該程序包含軟件部分和API部分。
https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ(VaspCZ)
軟件部分提供了Linux字符串用戶界面，用于在超算平臺中快捷提交任務(wù)和檢查結(jié)果。包含三個模塊：結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計算(OS)模塊、過渡態(tài)計算(NEB)模塊和測試(Test)模塊。
API部分為軟件部分的底層，是自己寫的一個python庫。為有python基礎(chǔ)的研究者提供了調(diào)用相關(guān)功能的接口，可以實現(xiàn)自定義計算和編寫上層應(yīng)用。庫名：VaspCZ.zzdlib，包含三個模塊：shell模塊、File模塊和Vasp模塊。API說明文檔。
https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ/blob/master/docs/VaspCZ_python_API.md(API說明文檔)
求github star中，如果你覺得本項目不錯，煩請點擊項目右上角Star，感謝！~反饋調(diào)試中，如使用中遇到問題，敬請上報到drivener@163.com，再次感謝！~二、VaspCZ軟件安裝1. 安裝和卸載代碼下載：
git clone https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ.git
或者訪問github VaspCZ 網(wǎng)址下載，下載后解壓：
unzip VaspCZ.zip
進入安裝程序目錄：
cd VaspCZ
默認VaspCZ安裝配置為：
程序安裝路徑說明VaspCZ軟件用戶根目錄/binlinux主程序vtst用戶根目錄/binVTST過渡態(tài)工具VaspCZ.zzdlib相應(yīng)python3的site-packages目錄python API 接口Vasp.sh用戶根目錄超算平臺PBS系統(tǒng)提交任務(wù)的腳本，需要自行準備拷貝到該路徑下并命名為Vasp.shPseudoPotential用戶根目錄生成POTCAR所需的贋勢文件的文件夾，需要自行準備并拷貝到該路徑下，命名方式為~/PseudoPotential/[贋勢名]vcz用戶根目錄/bin/VaspCZVaspCZ主程序快捷鍵如需修改安裝配置，請修改install.py第6-10行對應(yīng)設(shè)置再進行安裝。
安裝：
python3 install.py
輸入快捷鍵運行程序：
vcz
程序界面如圖：
出現(xiàn)程序界面，說明安裝成功。
如更新版本，安裝前請先卸載：
python3 uninstall.py
2. 錯誤提示(1) 權(quán)限不足
如果安裝時提示：
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: \'VaspCZ\'
請使用管理員賬號用以下命令安裝。
sudo python3 install.py
如無管理員賬號，請給當(dāng)前用戶安裝獨立的python后再安裝VaspCZ
源碼安裝用戶獨立python3教程
(2) 缺少python庫
VaspCZ運行需要的庫有：
numpy
如果提示：
ModuleNotFoundError: No module named \'numpy\'
使用pip3安裝相應(yīng)庫即可：
pip3 install numpy
三、VaspCZ軟件使用和示例本章主要描述軟件部分的使用方法和示例，Python API接口部分僅描述功能，接口詳細信息參見API說明文檔。
1. VaspCZ 軟件部分 (主程序)軟件部分提供了Linux字符串用戶界面，用于在超算平臺中快捷提交任務(wù)和檢查結(jié)果。包含三個模塊：結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計算(OS)模塊、過渡態(tài)計算(NEB)模塊和截斷能K點測試(Test)模塊。
成功安裝后輸入快捷鍵即可進入用戶界面：
vcz輸入模塊對應(yīng)的選項即可進入相應(yīng)模塊。
(1) Opt and Sta 模塊該模塊提供了用于快捷進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化(Optimization)計算和靜態(tài)(Static)計算的功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標簽功能名稱1.1產(chǎn)生Vasp輸入文件(示例)1.2修改INCAR為靜態(tài)計算INCAR1.3產(chǎn)生贋勢文件POTCAR1.4產(chǎn)生網(wǎng)格文件KPOINTS1.5產(chǎn)生提交任務(wù)腳本Vasp.sh1.6僅保留Vasp輸入文件1.7前檢查并提交任務(wù)1.8后檢查并打印計算結(jié)果OS模塊功能示例：進入到項目自帶的examples：(請將"/home/zhangzd/bin"替換你的VaspCZ安裝路徑)
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples/
OS模塊下1.1-1.7功能示例：進入1.1-1.7
cd 1.1-1.7
該文件夾為空文件夾。輸入：
vcz
1
而后輸入1-7數(shù)字可以執(zhí)行相應(yīng)功能
1.1 產(chǎn)生Vasp輸入文件(示例)會在該目錄下產(chǎn)生Vasp的5個輸入文件的示例：INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh
注意：生成Vasp.sh文件需要配置：Vasp.sh為PBS系統(tǒng)提交任務(wù)的腳本，因不同平臺的腳本內(nèi)容會有所不同，請將適合該平臺的腳本正確拷貝到安裝目錄下，默認為：用戶根目錄，目錄結(jié)構(gòu)如下所示：
用戶根目錄(或配置的Vasp.sh路徑)
|
| Vasp.sh
| ...(files)
1.2 修改INCAR為靜態(tài)計算的INCAR在當(dāng)前路徑的結(jié)構(gòu)優(yōu)化INCAR上修改為靜態(tài)計算的INCAR。
修改項目：
SYSTEM=Static
IBRION=-1
NSW=1
# EDIFFG=-0.01
1.3 產(chǎn)生POTCAR輸入元素列表和贋勢類型產(chǎn)生POTCAR。
默認產(chǎn)生適配當(dāng)前目錄下的POSCAR內(nèi)的元素的POTCAR，默認贋勢類型為PBE。
注意：將從安裝VaspCZ時配置的贋勢路徑下讀取數(shù)據(jù)，默認為用戶根目錄。使用該功能請將贋勢文件夾命名為PseudoPotential并按如下目錄安裝。
用戶根目錄(或配置贋勢安裝路徑)
|
+---PseudoPotential
|
+---PBE
| |
| +---H
| +---He
| +---...(dirs)
|
+---PW91
+---LDA
+---US_LDA_GGA
+---...(dirs)
1.4 產(chǎn)生KPOINTS輸入網(wǎng)格和方法產(chǎn)生KPOINTS文件。
默認網(wǎng)格為：5 5 5。
默認方法為：Monkhorst 。與Vasp官網(wǎng)一致，方法可只輸入開頭的字母如：M，可選方法有：M(Monkhorst)，A(Auto)
1.5 產(chǎn)生Vasp.sh輸入任務(wù)所需節(jié)點數(shù)、核數(shù)和任務(wù)名產(chǎn)生提交任務(wù)腳本Vasp.sh。
默認：節(jié)點數(shù)：1 核數(shù)：12 任務(wù)名：jobname
注意：將從VaspCZ安裝時候配置的Vasp.sh路徑下讀取數(shù)據(jù)，默認為用戶根目錄。使用該功能前請正確安裝Vasp.sh。
1.6 保留Vasp輸入文件刪除其他所有文件和文件夾，僅保留Vasp的5個輸入文件(INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh)，用于計算出現(xiàn)問題，重新算。
選擇該功能后可輸入文件名添加需要額外保留的文件。
1.7 前檢查并提交任務(wù)準備好輸入文件后，進行前檢查，檢查INCAR、POSCAR和POTCAR是否匹配，檢查通過后將打印檢查信息，并提示是否提交任務(wù)。
OS模塊下1.8功能示例：退出1.1-1.7并進入1.8
cd ..
cd 1.8
該文件夾為計算好的Fe-Te體系不同情形下的結(jié)構(gòu)優(yōu)化結(jié)果。
輸入運行1.8功能：
vcz
1
8
1.8 檢查結(jié)果檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計算的結(jié)果，如OUTCAR或者log中有錯誤(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置。
輸出如圖所示：
檢查所有路徑計算是否完成，輸出當(dāng)前路徑、完成狀態(tài)、離子步數(shù)和電子步數(shù)。
檢查完后，輸出當(dāng)前路徑、能量、離子步數(shù)、磁矩、POSCAR和CONTCAR原子之間的距離、原子最大受力。
(2) NEB 模塊該模塊提供了便捷的NEB方法計算過渡態(tài)的功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標簽功能名稱2.1一鍵結(jié)構(gòu)優(yōu)化到靜態(tài)計算2.2一鍵靜態(tài)計算到過渡態(tài)計算2.3過渡態(tài)振動分析2.4僅保留結(jié)構(gòu)優(yōu)化輸入文件2.5僅保留過渡態(tài)輸入數(shù)據(jù)2.6檢查過渡態(tài)受力情況2.7檢查過渡態(tài)各態(tài)原子距離2.8檢查過渡態(tài)計算結(jié)果2.9檢查過渡態(tài)振動分析結(jié)果過渡態(tài)計算的一般過程：先做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，而后靜態(tài)計算，最后過渡態(tài)計算，如需再振動分析。目錄結(jié)果如下：
NEB計算目錄
| ...(files)
+---ini
| | ...(files)
| +---Opt
| | ...(files)
+---fin
| ...(files)
+---Opt
| ...(files)
在準備進行過渡態(tài)計算的目錄下，創(chuàng)建文件夾ini和fin分別代表初態(tài)和末態(tài)，在它們之下再分別創(chuàng)建Opt文件夾。
計算步驟如下：
1、ini/Opt/下進行初態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
2、fin/Opt/下進行末態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
3、ini/下在結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后進行靜態(tài)計算以獲得更準確的能量。
4、fin/下在結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后末態(tài)靜態(tài)計算。
5、當(dāng)前路徑下在兩個靜態(tài)計算完成后進行過渡態(tài)計算。
6、如需，過渡態(tài)完成后當(dāng)前路徑下進行振動分析。
NEB模塊功能示例：進入到VaspCZ安裝目錄examples文件夾下：
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples
2.1 一鍵結(jié)構(gòu)優(yōu)化到靜態(tài)計算如前過渡態(tài)的一般過程所示，結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后，自動進行初末態(tài)的靜態(tài)計算。
進入2.1：
cd 2.1
該文件夾下包含一般性的過渡態(tài)計算結(jié)構(gòu)，且ini/Opt和fin/Opt下計算已完成。(可用OS模塊的1.8功能檢查結(jié)果)
調(diào)用vcz，選擇功能2.1：
vcz
2
1
此時：選擇1為當(dāng)前文件夾下的靜態(tài)計算到結(jié)構(gòu)優(yōu)化，選擇2為一鍵提交ini/和fin/文件下下的靜態(tài)計算。
輸入節(jié)點數(shù)、核數(shù)和文件名提交任務(wù)。默認為：
參數(shù)默認值節(jié)點數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取核數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取任務(wù)名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改為S2.2 一鍵靜態(tài)計算到過渡態(tài)計算如前過渡態(tài)的一般過程所示，靜態(tài)計算完成后，自動進行過渡態(tài)計算。
進入2.2文件夾:
cd 2.2
該文件夾下包含一般性的過渡態(tài)計算結(jié)構(gòu)，且ini/Opt、fin/Opt、ini/和fin/下計算已完成。(可用OS模塊的1.8功能檢查結(jié)果)
輸入vcz調(diào)用程序選擇功能2.2即可實現(xiàn)自動提交過渡態(tài)計算任務(wù)。
輸入節(jié)點數(shù)、核數(shù)和文件名提交任務(wù)。
默認參數(shù)為：
參數(shù)默認值節(jié)點數(shù)~初末態(tài)結(jié)構(gòu)原子距離和/0.8，取奇數(shù)核數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取任務(wù)名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改為N2.3 過渡態(tài)振動分析過渡態(tài)完成后，計算遷移原子在初態(tài)、過渡態(tài)和末態(tài)中三個自由度上的嘗試頻率。
使用初態(tài)和過渡態(tài)的嘗試頻率可以計算該遷移過程的有效率。
計算方法為：該原子在初態(tài)時三個自由度上的嘗試頻率之積 比 該原子過渡態(tài)時的兩個自由度上(共三個自由度，其中一個是虛頻)的頻率之積。
進入2.3文件夾：
cd 2.3
該文件夾下包含已經(jīng)計算好的過渡態(tài)文件。(可用NEB模塊的2.8功能檢查結(jié)果)
調(diào)用vcz，并選擇功能2.3
輸入任務(wù)節(jié)點數(shù)、核數(shù)和是否包含末態(tài)振動提交任務(wù)。
默認參數(shù)為：
參數(shù)默認值節(jié)點數(shù)1核數(shù)8是否包含末態(tài)False提交任務(wù)后會創(chuàng)建vibanalysis文件夾，內(nèi)再創(chuàng)建inistate, sadstate和finstate，計算不同結(jié)構(gòu)中遷移原子的振動頻率(嘗試頻率)。
2.4 僅保留結(jié)構(gòu)優(yōu)化輸入文件刪除當(dāng)前目錄下的所有文件和文件夾，僅保留ini/Opt/下和fin/Opt下的5個輸入文件(INCAR, POSCAR, POTCAR, KPOINTS和Vasp.sh)。
該功能用于過渡態(tài)計算錯誤時回滾到結(jié)構(gòu)優(yōu)化重新計算。
2.5 僅保留過渡態(tài)輸入數(shù)據(jù)刪除當(dāng)前目錄下的文件和文件夾，僅保留ini/和fin/文件夾下所有內(nèi)容。
該功能英語過渡態(tài)計算錯誤時回滾到過渡態(tài)重新計算。刪除后調(diào)用NEB模塊的2.2功能即可重新提交NEB任務(wù)。
2.6 檢查過渡態(tài)受力情況NEB計算完成或正在計算中，檢查每一離子步，每個IMAGE下的受力狀況。
例如：進入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.6 功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
6
輸出如圖所示：
第一列為離子步，第二到四列為插入態(tài)IMAGE01、IMAGE02和IMAGE03在對應(yīng)離子步下該結(jié)構(gòu)中原子所受的最大力，第五列為前面的二到四列之和。如數(shù)據(jù)所示，第8步時所有插入態(tài)原子最大受力小于0.01 eV/?，達到INCAR中的收斂要求。
該功能用于檢查過渡態(tài)計算不收斂時較為合理的結(jié)構(gòu)。例：假如INCAR中設(shè)置NSW=100，計算達100步未收斂，通常第100步并非合理的結(jié)構(gòu)。借助此功能可找到最大受力和最小的步數(shù)，將該步的結(jié)構(gòu)取出進行進一步分析和計算。
2.7 檢查過渡態(tài)各態(tài)原子距離NEB計算完成或NEB計算生成插入態(tài)后，檢查每個態(tài)之間原子的距離和。
例如：進入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.7功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
7
選擇需要檢查的結(jié)構(gòu)，默認為POS，代表POSCAR，可選為CONT，代表CONTCAR。
輸出如圖所示：
第一列是POSCAR或CONTCAR，第二列是IMAGE，第三列是原子距離和。其值來自于vtst工具，如第一行的值為：
dist.pl 00/POSCAR 01/POSCAR
計算前檢查POSCAR，用于確保插入過渡態(tài)準備，線性插入時各態(tài)距離和應(yīng)相等。
計算后檢查CONTCAR，用于查看過渡態(tài)中是否有某個態(tài)弛豫到不可預(yù)測的結(jié)構(gòu)導(dǎo)致過渡態(tài)不收斂。
2.8 檢查過渡態(tài)計算結(jié)果NEB計算完成后或計算中，檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的NEB計算結(jié)果(忽略靜態(tài)計算和結(jié)構(gòu)優(yōu)化)，如OUTCAR或者log中有錯誤(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置，檢查完成后輸出結(jié)果。
例如：進入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.8功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
8
輸出如圖所示：
每一個有NEB計算的路徑都會輸出計算結(jié)果。第一列為不同的IMAGE，第二列為原子最大受力，第三列為該IMAGE總能，第四列為以IMAGE00作為參考原點是的能量差，最大能量差即為勢壘，對應(yīng)的IMAGE為鞍點。
如數(shù)據(jù)所示，該擴散過程(fcc Fe的自擴散)的擴散勢壘為1.39 eV.
2.9 檢查過渡態(tài)振動分析結(jié)果NEB振動分析結(jié)束后，檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的原子振動頻率(嘗試頻率)結(jié)果并計算有效頻率。
例如：進入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.9功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
9
輸出如圖所示：
如數(shù)據(jù)所示，[True, True, False] 說明該子目錄下包含初態(tài)和鞍點態(tài)振動分析，不包含末態(tài)。
第一個1f 2f 3f為遷移原子在初態(tài)結(jié)構(gòu)中三個方向的振動，振動頻率分別為6.59, 6.17和4.99 THz。第二個1f 2f 3f為遷移原子在鞍點態(tài)結(jié)構(gòu)中三個方向的振動，振動頻率分別為6.92, 4.67和5.81 THz，其中f/i表示第三個方向上為虛頻。
該擴散過程原子的有效頻率為：初態(tài)三個振動之積比鞍點態(tài)兩個振動之積(排除虛頻)，結(jié)果為: 6.28 THz。
本例是fcc Fe的自擴散，擴散前后結(jié)構(gòu)等價，初態(tài)和末態(tài)相同，因此無需算末態(tài)振動。
通常體系中對稱性不高，如有2個以上缺陷時，初態(tài)和末態(tài)是不等價的，此時反向方擴散的勢壘就是以末態(tài)能量為原點時鞍點的能量，對應(yīng)的有效頻率為末態(tài)三個振動之積比鞍點態(tài)兩個振動之積(排除虛頻)。(在NEB模塊2.3功能中輸入?yún)?shù)包含末態(tài)時，2.9功能會自動計算反方向擴散的有效頻率。)
(3) Test 模塊通常，一個體系在大規(guī)模進行計算和分析之前，需要進行截斷能測試和K點測試確定合適的ENCUT設(shè)置和KPOINS設(shè)置。
該模塊提供了快捷的Vasp截斷能測試和K點測試功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標簽功能名稱3.1截斷能測試3.2K點測試Test模塊功能示例：進入到VaspCZ安裝目錄examples文件夾下：
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples
3.1 截斷能測試做截斷能測試的目的是選取一個合適的截斷能，截斷能決定了Vasp計算過程中被作為贋勢處理的電子波函數(shù)的范圍。截斷能太小，計算得到的體系總能不可信，截斷能太大，計算中迭代需要花費大量資源。
準備好輸入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，輸入?yún)?shù)即可快捷提交截斷能測試任務(wù)。
例如：進入examples/3.1文件夾，調(diào)用vcz 3.1功能：
cd 3.1
vcz
3
1
輸入?yún)?shù)有：任務(wù)名前綴、節(jié)點數(shù)、核數(shù)和截斷能列表。
默認參數(shù)為：
參數(shù)默認值任務(wù)名前綴ENCUT_節(jié)點數(shù)1核數(shù)8截斷能列表200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700注意：截斷能列表以英文逗號隔開。
提交任務(wù)后會以截斷能為名創(chuàng)建文件夾，在每個文件夾內(nèi)修改INCAR文件中的ENCUT為對應(yīng)值，而后提交結(jié)構(gòu)優(yōu)化任務(wù)，任務(wù)名為任務(wù)名前綴+截斷能。
計算完成后，可以使用OS模塊的1.8功能檢查各截斷能時體系的總能，體系總能之差小于0.001 eV時，該截斷能可選為合適的截斷能。
3.2 K點測試做K點測試的目的是選取一個KPOINS設(shè)置，K點決定了Vasp計算過程中倒空間的網(wǎng)格分隔點數(shù)，體系越大，合適的K點網(wǎng)格一般越小。
準備好輸入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，輸入?yún)?shù)即可快捷提交K點測試任務(wù)。
例如：進入examples/3.2文件夾，調(diào)用vcz 3.2功能：
cd 3.2
vcz
3
2
輸入?yún)?shù)有：任務(wù)名前綴、節(jié)點數(shù)、核數(shù)和K點列表。
默認參數(shù)為：
參數(shù)默認值任務(wù)名前綴ktest_節(jié)點數(shù)1核數(shù)8K點列表111,333,555,777,999注意：K點列表以英文逗號隔開。
提交任務(wù)后會以K點為名創(chuàng)建文件夾，在每個文件夾內(nèi)KPOINTS文件中的網(wǎng)格為K點，而后提交結(jié)構(gòu)優(yōu)化任務(wù)，任務(wù)名為任務(wù)名前綴+K點。
計算完成后，可以使用OS模塊的1.8功能檢查各K點時體系的總能。
2. VaspCZ python APIpython API部分為有python基礎(chǔ)的研究者提供了本項目同通用功能的接口。通過庫便捷調(diào)用相關(guān)功能，以實現(xiàn)自定義高通量計算。庫名：VaspCZ.zzdlib，包含：shell模塊，F(xiàn)ile模塊和Vasp模塊
安裝和導(dǎo)入安裝軟件時自動安裝庫，安裝說明見本說明第三章。
導(dǎo)入：進入python3交互界面或在.py文件中導(dǎo)入庫：
import VaspCZ.zzdlib as zzd
此處只列出各模塊功能，詳細接口說明見API文檔
(1) shell模塊標簽代碼功能1.1VaspCZ.zzdlib.getshellResult(code)返回shell命令控制臺輸出的結(jié)果，由每一行組成一個元素的列表。(2) File模塊標簽代碼功能2.1VaspCZ.zzdlib.File.openFile(path, [mode=\'r\', data=None])讀取文件或保存文件2.2VaspCZ.zzdlib.File.substitudeData(data, keywords, newline, [mode=\'default\'])傳入文件數(shù)據(jù)，給出關(guān)鍵詞和新行，默認情形搜索出現(xiàn)第一次出現(xiàn)關(guān)鍵詞的行并替換，mode不等于default是替換全部出現(xiàn)關(guān)鍵字的行，返回替換后的數(shù)據(jù)。2.3VaspCZ.zzdlib.File.getLine(data,keywords)給出關(guān)鍵詞，招傲有關(guān)鍵詞的第一行并返回，返回為字符串和所在的行索引。該功能用于獲取特定想信息或者用于判斷。2.4VaspCZ.zzdlib.getAllline(data, keywords)給出關(guān)鍵詞，返回所有帶有關(guān)鍵詞的所有行，返回為列表。該功能用于選擇性獲得文件特定行。2.5VaspCZ.zzdlib.getline(data)獲取文件數(shù)據(jù)中是空位的索引。2.6VaspCZ.zzdlib.Vaspsh_path獲取VaspCZ軟件默認的PBS提交任務(wù)腳本Vasp.sh所在的文件路徑。(3) Vasp模塊標簽代碼功能3.1VaspCZ.zzdlib.Vasp.decode_POSCAR(POSCAR)解碼POSCAR，返回一個基矢、原子種類、原子數(shù)目、每個原子的位置（取前4位）3.2VaspCZ.zzdlib.Vasp.modifyPOSCARele(oldele, new_ele)修改當(dāng)前路徑下POSCAR的原子種類，適合批量修改。3.3VaspCZ.zzdlib.Vasp.gennerate_POTCAR([elements=None, pseudotype=\'PBE\'])在當(dāng)前路徑生成POTCAR文件，需要在安裝中正確是指贋勢文件目錄，默認贋勢文件目錄為用戶根目錄。贋勢目錄名為：PseudoPotential。3.4modifyPOSCARSelective_Dynamics(data, indexes)根據(jù)輸入的數(shù)據(jù)和索引修改POSCAR，添加Selective Dynamics, 索引所在的位置設(shè)置為T T T, 其他位置設(shè)置為 F F F3.5modifyINCARforvibrationanalysis修改當(dāng)前目錄的INCAR為振動分析的INCAR并保存.3.6VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkInputsVasp前檢查。提交計算任務(wù)前，檢查當(dāng)前目錄Vasp的各項輸入文件，將計算信息打印到控制臺，包含：計算路徑、SYSTEM、截斷能、ISIF、離子更新方法、是否有磁性、電子收斂標準、離子收斂標準、原子種類個數(shù)、POTCAR原子類型、KPOINTS方法、網(wǎng)格大小、任務(wù)名、節(jié)點數(shù)與核數(shù)、是否加急。3.7VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkandqsub([need_input=True])檢查前檢查并提交任務(wù)。內(nèi)部集成了上一個檢查輸入文件函數(shù)，使用中推薦該函數(shù)。3.8VaspCZ.zzdlib.Vasp.keepInputs([addfile=[], workdir=\'./\'])刪除工作目錄下的文件，僅保留輸入文件。默認保留文件為：INCAR，POSCAR，POTCAR， KPOINTS和Vasp.sh3.9VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkNEBperiod遍歷當(dāng)前路徑下的所有文件夾，如果發(fā)現(xiàn)有neb計算，判斷ini和fin分別的計算周期，并返回四、其它說明該項目已免費開源，開源許可。
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作者水平有限，代碼有諸多不足之處，還望斧正。
當(dāng)前版本: 1.0.1
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